Season of the Chosen mengantarkan era baru penceritaan dan pengembangan karakter yang belum pernah terlihat di Destiny 2 hingga saat ini. Musuh bebuyutan Guardians Aldran Sav, sekarang dikenal sebagai Crow, berubah menjadi sekutu berharga yang menyelamatkan nyawa komandan Zavala di akhir musim. Cabal hampir membuat para Penjaga punah selama Perang Merah, tetapi Permaisuri Caiatl terbukti berbeda dari para pendahulunya. Setelah banyak uji coba pertempuran di tempat pembuktiannya, para pemain membentuk aliansi yang tidak nyaman dengan musuh lama lainnya. Sekarang Musim Splicer telah tiba, dan pemain sekali lagi harus mempertanyakan apa yang mereka ketahui tentang kelompok musuh lainnya, The Fallen.
Vex telah menggunakan teknologi simulasi mereka untuk memblokir matahari dan menutupi kota terakhir Bumi dalam kegelapan yang tidak pernah berakhir. Warlock Vanguard Ikora menunjukkan bahwa Mithrax mungkin satu-satunya yang memiliki pengetahuan untuk meretas jaringan Vex dan mengakhiri simulasi. Mithrax adalah Kell of House Light, sebuah rumah ciptaannya sendiri yang terbuat dari Eliksni yang berpikiran bebas yang ingin kembali ke hadirnya Mesin Besar. Mithrax dikenal sebagai splicer suci; splicers adalah sekelompok kecil ilmuwan Eliksni dengan pengetahuan tingkat lanjut di bidang sibernetika, bioteknologi, dan peretasan biologis.
Mithrax dan splicer seharusnya terdengar familiar bagi Guardian yang berpengalaman. Mithrax adalah Kapten Jatuh yang pintar yang menghindari pemain di Titan. Mithrax adalah seorang visioner yang percaya bahwa masa depan Eliksni terletak pada pengembara yang menikmati cahayanya, tetapi ia naik pangkat seperti halnya Fallen Dreg lainnya. Dia dulunya adalah bagian dari Keluarga Serigala dan berjanji setia kepada Skolas dan Mara Sov setelah dia mengambil alih komando Serigala dengan mengalahkan Skolas. Setelah Penjaga menyelamatkan nyawanya di Titan, Mithrax mulai menjalin kesetiaan dengan penjaga menara. Dia kembali untuk membantu mereka selama misi Zero Hour dan membantu menghentikan Eramis dari mencuri teknologi SIVA dari lemari besi di menara tua.
Fallen Splicer dari House of Devils menggunakan teknologi SIVA untuk menantang Guardians selama Bangkitnya Besi ekspansi di Takdir. Kejatuhan sibernetik ini akan memberi kita gambaran sekilas tentang kengerian yang nantinya akan kita hadapi di Deep Stone Crypt. Iblis ini menggabungkan diri dengan SIVA, teknologi nanit yang diciptakan oleh Rasputin Warmind. Teknologi nanite ini pernah memusnahkan Iron Lords. The Guardians menghentikan Iblis dari meninggalkan Plaguelands dengan SIVA tetapi memberi pemain contoh yang bagus tentang apa yang mampu dilakukan sekelompok splicer Jatuh ketika mereka memiliki teknologi dan sumber daya yang kuat yang mereka miliki.
Mithrax adalah salah satu splicer suci terakhir yang tersisa dan telah menemukan cara untuk meretas jaringan Vex dengan perangkat aneh yang dicangkokkan ke salah satu lengan mekanisnya. Dia juga memodifikasi bagian lain dari dirinya, seperti memasang semacam pelindung sibernetik di wajahnya. Mithrax ini jauh berbeda dari terakhir kali kita bertemu dengannya, tapi dia menepati janjinya tentang kesetiaannya pada Traveler dan terus menjadi pintar seperti biasanya. Jenis manipulasi teknologi Vex ini baru dalam pengetahuan dan akan membawa pemain ke wilayah yang belum dijelajahi di mana Vex bersangkutan.
Vex telah dihipotesiskan sebagai hasil dari cahaya dan kegelapan yang memainkan 'permainan bunga' di taman primordial jauh sebelum alam semesta ada. Vex berasal dari satu pola berulang yang mendominasi seluruh simulasi seperti virus, yang menyenangkan kegelapan dan mengganggu cahaya. Modus operandi Vex selalu melibatkan manipulasi aliran waktu melalui teknologi simulasi, tetapi motif sebenarnya mereka, selain hanya mencoba mengubah kenyataan menjadi satu simulasi Vex yang mencakup, selalu diselimuti misteri. Sekarang Mithrax telah mengembangkan perangkat yang memungkinkan pemain meretas lebih jauh ke dalam jaringan Vex daripada sebelumnya dan akhirnya belajar lebih banyak tentang ras misterius mesin organik yang mendominasi ini.
