PERINGATAN: Artikel berikut mengandung spoiler untuk Hari-hari berlalu .
Setelah sekitar 40 jam gameplay untuk menyelesaikan cerita utama, banyak gamer akan mengesampingkan pengontrol mereka dan pergi Hari-hari berlalu untuk kebaikan. Lainnya akan memulai file penyimpanan yang sama sekali baru. Namun, mereka yang terus bermain setelah kredit bergulir akan dihargai dengan akhir rahasia, yang memiliki konsekuensi besar.
Setelah misi terakhir selesai dan Pulau Penyihir dihancurkan, peta dunia terbuka gim ini masih tersedia untuk dijelajahi. Dari sana, pemain dapat menyelesaikan semua side-objective yang tersisa, seperti Freaker Hordes atau situs penelitian NERO. Setelah beberapa saat, pemain akan menerima pesan radio dari peneliti NERO James O'Brian, yang akan meminta pemain untuk menemuinya.
Ketika protagonis Deacon St. John bertemu O'Brian di pemakaman tua, segalanya menjadi gila. Dalam prolog, pemain bertemu O'Brian, yang mengenakan setelan hazmat seluruh tubuh dan helm dengan layar transparan. Di sini, wajahnya terlihat. Namun, sepanjang sisa permainan, topeng O'Brian diwarnai, yang berarti Deek tidak bisa melihat wajahnya.
Alasan untuk ini hanya terungkap dalam cutscene akhir rahasia: O'Brian terinfeksi. Dia akhirnya melepas topengnya untuk mengungkapkan wajah vaskular yang menjijikkan, menyebabkan Deacon mundur. O'Brian menjelaskan bahwa virus yang menciptakan Freakers berkembang pesat, dan sekarang pada tahap di mana ia dapat menyerang sistem limfatik (yang membantu melindungi tubuh dari penyakit dan infeksi) orang yang tidak terinfeksi. Dia juga mengungkapkan bahwa para petinggi di NERO telah mengetahui hal ini untuk sementara waktu, dan memperingatkan Deacon bahwa mereka akan datang. O'Brian pergi, melompat ke helikopter udara dengan kekuatan dan kelincahan yang tidak manusiawi.
Potongan adegan ini menyampaikan bahwa jenis virus baru ini menciptakan bentuk Freaker yang sama sekali baru, yang mempertahankan fungsi kognitif manusia tetapi memiliki kekuatan, kecepatan, dan agresi makhluk yang dilawan Deacon sepanjang Hari-hari berlalu . Bahkan, di beberapa titik dalam adegan ini, tubuh O'Brian seolah-olah tersentak, dan dia bahkan mengambil beberapa langkah ke arah Deek sebelum meminta maaf. Meskipun tidak pernah secara eksplisit dinyatakan, tampaknya O'Brian menolak dorongan biologis untuk menyerang yang disebabkan oleh virus.
Jelas, adegan ini dimaksudkan untuk membiarkan pintu terbuka untuk Hari-hari berlalu sekuel, sesuatu yang sekarang sepertinya tidak akan pernah terjadi. Alih-alih akhir optimis dari Deek yang pergi ke matahari terbenam bersama Sarah, twist ini menyelesaikan permainan dengan nada yang lebih gelap dan lebih mengancam. Bentuk baru Freaker yang diperkenalkan melalui O'Brian akan menjadi musuh yang tangguh di game kedua, yang tentunya akan mengikuti upaya Deacon untuk mengungkap kebenaran tentang kaitan NERO dengan virus tersebut.
Perlu dicatat bahwa, meskipun fitur NERO menonjol di Hari-hari berlalu , Diakon tidak pernah benar-benar bertarung melawan mereka. Dalam misi yang mereka tampilkan, Deek hanya bisa menyelinap di sekitar tentara dan peneliti, karena permainan memperjelas bahwa pakaian mereka terlalu kuat untuk dia potong atau tembak. Sebuah sekuel kemungkinan akan membuat NERO menjadi antagonis utama, dengan Deacon dan perusahaan harus menghadapi mereka secara langsung. Namun, seperti yang terjadi, ini adalah cerita yang akan tetap tak terhitung.
