Itu kredo pembunuh franchise selalu menceritakan kisahnya dari perspektif Assassin Order. Dengan Ordo Templar memperjuangkan perdamaian melalui penghapusan kehendak bebas, selalu jelas siapa yang benar. Namun, ada satu judul yang menunjukkan perspektif Ordo Templar -- dan bagaimana seorang pengkhianat hampir menghancurkan Persaudaraan Kolonial Pembunuh.
Assassin's Creed Rogue memperkenalkan seorang pembunuh muda bernama Shay Patrick Cormac, yang merupakan anggota Persaudaraan Amerika sebelum Perang Tujuh Tahun. Dia dan temannya Liam O'Brien ditugaskan memburu artefak yang diyakini Ordo terkait dengan Pieces of Eden. Ini ada jauh sebelum kelahiran Kredo dan memiliki kekuatan yang begitu besar sehingga, jika para Templar menguasai bahkan salah satu dari mereka, mereka dapat memperbudak seluruh umat manusia.
Pasangan itu berhasil menemukan satu artefak di sebuah kuil kuno di bawah Lisbon. Namun, Shay mengambilnya memicu gempa bumi yang menewaskan dan membuat ribuan orang terdampar. Pengalaman ini membuatnya percaya bahwa Assassin tidak peduli dengan orang yang tidak bersalah, sekarang memandang mereka sebagai kebalikan dari pahlawan yang dia pikir. Shay memunggungi Ordo, mempertaruhkan nyawanya saat rekan-rekannya memburunya. Dia akhirnya menemukan jalannya ke Ritus Kolonial Ordo Templar, dan dari sana, dia memihak musuh bebuyutan Assassin dan bersumpah untuk mencegah rekan lamanya menemukan kuil lain.
Selama Perang Tujuh Tahun, Shay memburu rekan pembunuh lamanya dengan Grandmaster Templar, Haytham Kenway. Haytham adalah putra dari pembunuh bajak laut Edward Kenway, tetapi dia dibesarkan untuk mengikuti Templar. Selama bertahun-tahun, Haytham dan Shay memperoleh pijakan yang kuat di Koloni dan memenangkan Perang Tujuh Tahun untuk Templar. Dia juga melenyapkan beberapa anggota paling kuat dari Persaudaraan Kolonial.
Klimaks dari Assassin's Creed Rogue melihat Shay membunuh teman lamanya Liam dan Haytham, melumpuhkan pemimpin mereka, Achilles Davenport. Selama tujuh tahun, Assassins tidak terorganisir dan tanpa kepemimpinan sebagai Shay dan Templar mengendalikan koloni dari bayang-bayang. Tidak akan selama tujuh tahun lagi sampai putra Haytham, Connor, akan tiba dan melanjutkan di mana Achilles tinggalkan dengan menghilangkan ancaman Templar di Amerika dan membantu kemenangan negara itu melawan mahkota Inggris selama salah satu konflik paling penting dalam sejarah, Revolusi Amerika.
Cormac terus bekerja dengan Ordo Templar, memburu artefak kuno yang akan membantu mereka mendapatkan keunggulan melawan Assassins. Ketika Connor melanjutkan untuk membebaskan Koloni, Shay berada di Paris, ditugaskan untuk membunuh seorang Assassin yang memegang kotak suci yang dapat membuka rahasia kuno dan ada sejak pembunuh Cina Shao Jun. Pembunuh yang dia bunuh adalah ayah dari Arno Dorian, seorang pembunuh yang akan membantu membebaskan Paris di Kesatuan Assassin's Creed . Meskipun Shay Cormac tidak menghancurkan American Brotherhood of Assassins sepenuhnya, dia menunjukkan betapa cepatnya mereka bisa hancur ketika salah satu dari mereka berpindah sisi.
