Perang sipil kapten amerika mengungkapkan banyak rahasia kelam seputar beberapa karakter utama film tersebut. Sementara pengungkapan terbesar adalah bahwa Prajurit Musim Dingin (Sebastian Stan) membunuh orang tua Tony Stark (Robert Downey Jr.), ada banyak pengungkapan lain yang berserakan di sepanjang film. Misalnya, kematian Peggy Carter (Hayley Atwell) menunjukkan pengungkapannya sendiri baik dalam potongan teater maupun adegan yang dihapus.
Selama pemakaman Peggy, Sharon Carter (Emily VanCamp) mengungkapkan bahwa dia adalah keponakan dari api lama Steve Rogers (Chris Evans), tetapi ini bukan satu-satunya rahasia keluarga yang diketahui oleh sang pahlawan. Saat dia menghabiskan waktu di gereja sendirian, memproses kematian Peggy, Natasha Romanoff (Scarlett Johansson) masuk untuk memastikan temannya tidak sendirian. Sementara potongan teatrikal adalah percakapan singkat yang mengikat siapa yang telah dan belum menandatangani Kesepakatan Sokovia, adegan yang dihapus berisi bagian utama dari masa lalu Black Widow.
Dalam adegan tersebut, Steve berbicara tentang betapa terkejutnya Peggy yang masih hidup setelah keluar dari es. Natasha mengingatkannya betapa pentingnya bagi Peggy juga agar keduanya bisa terhubung kembali selagi masih ada waktu. Nat juga menjelaskan bagaimana keputusannya untuk menghilang dan mencari identitas baru menyusul peristiwa Captain America: Prajurit Musim Dingin terikat dengan bagaimana perasaan Steve.
Setelah S.H.I.E.L.D. runtuh, Natasha memutuskan untuk pergi dan mencari tahu lebih banyak tentang keluarganya. Adegan yang dihapus, 'Extended Peggy's Funeral,' menggali lebih dalam kebenaran tentang nasib orang tuanya. Saat dia menjelaskan, pencarian Nat membawanya ke dua batu nisan di dekat pagar berantai. Sebagai bentuk penutupan, Nat mencabut beberapa ilalang dan meninggalkan bunga di kuburan. Dia mengakhiri ceritanya dengan mengingatkan Steve bahwa 'kita memiliki apa yang kita miliki ketika kita memilikinya.'
Karakter Nat dibangun di atas kehilangan dan ketekunan. Dia kehilangan satu keluarga di Prajurit musim dingin ketika S.H.I.E.L.D. dibongkar, tapi dia bersandar pada Avengers sebagai rumah lain yang bisa dia klaim. Dia mengingatkan Steve bahwa yang penting adalah waktu yang dia miliki dengan orang-orang yang dia cintai, yang tidak pernah didapat Nat dengan orang tuanya. Dengan Kesepakatan Sokovia, keluarganya diancam lagi dan pasti terbelah di tengah. Pada akhirnya, kematiannya di Avengers: Endgame adalah sesuatu yang membantu menyatukan mereka kembali.
Perang sipil kapten amerika menunjukkan bahwa kesetiaan sejati Black Widow terletak pada keluarganya. Keputusannya untuk beralih sisi di babak ketiga menjadi contoh yang bagus untuk itu. Namun, adegan yang dihapus di mana dia membahas orang tuanya yang telah meninggal membantu menambahkan lapisan lain ke fokusnya pada keluarga sementara juga memberi bayangan pada perubahannya nanti di film. Sayangnya, adegan yang dihapus dari Marvel Cinematic Universe tidak dianggap kanon, jadi tidak jelas apakah informasi ini akan terbawa ke dalam kontinuitas utama.
