Perintah 66 adalah perintah paling terkenal yang diberikan di Perang Bintang sejarah, menandakan akhir dari Republik Galaksi dan mulai hampir runtuhnya Jedi Order. Sementara pasukan Klon dipaksa untuk mematuhi Perintah 66 karena biochip yang ditanamkan di dalamnya dalam kanon, pasukan Karen Traviss Legenda seri Komando Republik melukiskan potret eksekusinya yang jauh lebih gelap.
Itu Komando Republik seri menggambarkan Orde 66 sebagai perintah yang diajarkan kepada semua pasukan Klon, bukan perintah yang dipaksa untuk mereka patuhi. Pada pandangan pertama, Ordo tampak sangat masuk akal, karena awalnya dibuat oleh Sifo-Dyas sebagai cara untuk menjatuhkan Jedi jahat yang melawan Republik. Perintah ini juga di atas Perintah 65, yang dimaksudkan untuk menjatuhkan Kanselir Tertinggi jika masalah serupa muncul.
Di Komando Republik: Warna Sejati, Perintah 66 dijelaskan sebagai berikut: 'Dalam hal perwira Jedi bertindak melawan kepentingan Republik, dan setelah menerima perintah khusus yang diverifikasi sebagai datang langsung dari Panglima Tertinggi (Kanselir), komandan GAR akan memecat perwira tersebut dengan kekuatan mematikan, dan komando GAR akan dikembalikan ke Panglima Tertinggi (Rektor) sampai struktur komando baru dibentuk.'
Traviss menggambarkan realitas brutal Perang Klon, yang menciptakan banyak ketegangan antara Pasukan kloning dan komandan Jedi mereka. Pada dasarnya dibesarkan sebagai budak-prajurit untuk Republik, kehidupan seorang prajurit Clone pada dasarnya setara dengan droid. Proses penuaan mereka yang dipercepat memastikan bahwa pasukan Klon tidak akan pernah mencapai kehidupan yang memuaskan di luar pertempuran, meskipun Klon secara biologis identik dengan manusia dan mampu bereproduksi secara biologis. Klon juga mampu melakukan berbagai macam emosi manusia, yang menciptakan gejolak batin mengenai keberadaan singkat mereka.
Banyak pasukan Klon juga menjadi lelah saat perang berlarut-larut, karena mereka dipaksa untuk menyaksikan saudara-saudara mereka jatuh dalam pertempuran. Komando Republik: Perintah 66 merinci frustrasi batin Delta Squad Commando Scorch terhadap hilangnya nyawa ini, saat dia mendengar nama-nama ribuan pasukan Klon yang jatuh. 'Scorch sekarang tidak bisa menyebutkan setengah regu dalam kelompoknya di pusat pelatihan Tipoca, apalagi orang-orang di dalamnya. Dia merasa malu, seolah-olah dia telah mengkhianati mereka,' bunyi bagian itu. Saat perang berlangsung, banyak pasukan Klon mulai membenci Jedi atas korban-korban ini, bahkan mempertanyakan kompetensi mereka.
Sikap Jedi terhadap pasukan Klon tidak lebih baik, karena mereka hanya melihat mereka sebagai barang sekali pakai. Mereka sangat acuh tak acuh terhadap pasukan komando Klon, yang mereka pandang sebagai pemburu hadiah yang disetujui negara untuk Republik. Terlepas dari ketidakpedulian mereka terhadap pasukan ini, Jedi memahami kebutuhan mereka dalam perang. 'Itulah masalah dengan memiliki klon cerdas yang dilatih oleh sekelompok preman yang tidak disiplin - mereka ternyata paling aneh, paling buruk tidak patuh. Tapi mereka mungkin akan memenangkan perang untuk kita. Tolerir mereka,' Jedi Master dan Direktur Jenderal Pasukan Khusus Arligan Zey menjelaskan dalam Komando Republik: Tiga Nol .
Sebagai hasil dari ketidakpuasan bersama ini, tidak sulit bagi banyak pasukan Klon untuk mengarahkan senjata mereka ke mantan komandan mereka, tetapi beberapa outlier penting tetap ada. Tim Ion yang dipimpin oleh Kapten Climber tidak hanya melanggar perintah, mereka juga mengarahkan senjatanya ke pasukan Komandan Salvo yang berusaha menyergap sekelompok Jedi. Skuadron Klon lainnya, seperti Skuad Omega, Skuad Delta, dan Ordo Skirata, juga tidak mematuhi perintah, tetapi berpura-pura patuh untuk menghindari kecurigaan dari Kekaisaran. Sementara Klon di skuadron terakhir memiliki hubungan yang lemah dengan Jedi, mereka jauh lebih skeptis terhadap Palpatine yang meluncurkan klon Centax baru yang berusia normal.
Sementara kanon menghapus kesalahan Klon mereka dalam eksekusi Order 66, Legenda menghadapi pengkhianatan mereka secara langsung. Penggambaran bernuansa Order 66 ini lebih gelap dari canon, tapi Komando Republik memberikan kedalaman eksekusinya dengan memanusiakan pelaku Klon dan penderitaan mereka.
